Đây không phải tác phẩm "Ta muốn đến Cửu Châu" hay "Cửu Châu Thiên Không Thành". Cửu Châu đơn giản là một thế giới tưởng tượng không có hệ thống thần tiên như Ngọc Hoàng, Phật Tổ, mà gồm nhiều tộc người có dị năng sinh sống. Hải Thượng Mục Vân Ký là một trong nhiều tác phẩm lấy bối cảnh trong thế giới Cửu Châu.

Thời cổ đại, trong nhân loại thuộc Cửu Châu có vị Lục hoàng tử Mục Vân Sênh là do yêu ma sinh ra, không được phụ thân sủng ái. Hắn ngẫu nhiên có được một bức họa cổ. Trên đó vẽ Mị linh (tinh linh yêu ma) Phán Hề khiến hắn si mê. Hai người ước hẹn cùng nhau tìm kiếm nơi đẹp nhất thế gian. Chàng thiếu niên Mục Như Hàn Giang là con trai Đại tướng quân Mục Như Sóc, từ nhỏ đã vào cung làm thư đồng; hắn tính tình ngang bướng nhưng lại cùng chơi với Mục Vân Sênh rất hợp. Lúc này, 8 bộ lạc Hãn Châu phụ thuộc Đoan triều (Triều đình nhà họ Mục Vân) mưu phản, bị kỵ binh Mục Như gia đánh bại, Vài năm sau, Thạc Phong Hòa Diệp- hậu nhân của 8 bộ lạc Hãn Châu- thế lực phong mãn, đánh bại Mục Như gia. Mục Như gia bị hoàng đế lưu đày. Hai nhà Mục Vân - Mục Như trở mặt với nhau. Nhưng trong lúc đại quân của 8 bộ lạc tiến vào đô thành Đoan triều, chỉ có Mục Như Hàn Giang mới có khả năng cứu vãn hoàng triều. Ân oán tình cừu giữa những người trẻ tuổi ngay giữa lúc ấy bắt đầu....